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[죠스타 가의 2세]
어린 시절에는 식탁에서 테이블 매너를 무시하고 요리를 막 먹가나 파이프 담배 를 피우는 등 차분함과는 거리가 먼 개구쟁이였다. 때문에 아버지 죠스타 경에게 수시로 엄히 혼날 정도. 그래도 에리나 펜들런을 괴롭히는 일진들에게 달려드는 등 이 시절부터 죠스타 특유의 정의감은 있었다. 비록 그 일진에게 주먹 한 번 제대로 날리긴커녕 되려 두들겨 맞는 등 어딘가 부족한 면이 많은 소년이었지만, 굳건한 정의감을 가지고 있었다.
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[과거와 디오와의 만남]
아기였던 시절 일가가 마차 사고를 당해 자신을 감싸던 어머니를 잃었기에 홀아버지 밑에서 자랐다. 어머니가 세상을 떠났을 때 지나가던 다리오 브란도가 죠스타 일가가 죽은 걸로 생각해 돈 좀 될 만한 거를 털어보려고 마차 잔해에서 죠스타 경을 끄집어냈는데, 사실 죠스타 경이 살아있어 우연히 구출한 게 됐다. 그 후 다리오의 소개로 그의 아들 디오 브란도가 죠스타 경의 양자로 입양됐는데, 여기서부터 죠나단과 디오와의 악연이 시작됐다.
처음엔 아무것도 모르고 경계심 없이 디오에게 다가섰지만, 디오는 만나자마자 기선제압을 할 목적으로 마침 다가오던 죠나단의 애견 대니를 발로 차버렸다. 이 때 죠나단이 당황해 '무! 무슨 짓이냐-! 용서 못 해!'라며 싸우려 했지만, 도중에 아버지(죠지 죠스타 1세)가 끼어드는 바람에 중단됐고, 갑자기 덩치 큰 개가 달려들어 자기도 모르게 반사적으로 그랬을 거라며 넘어갔다.
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[악연] 이후엔 디오와 계속 마찰을 빚는다. 죠스타 가문의 재산을 독차지하려는 디오에게 정통 계승자인 죠나단은 방해물이었으므로, 공부나 예의범절에서 죠나단보다 우수한 모습을 보이면서 죠지 죠스타 1세에게 좋은 평판을 받고 죠나단의 평판을 떨어뜨린다.
그리고 디오는 복싱 시합에서 반칙도 쓰면서 죠나단을 때려눕히거나, 친구들 사이에서 인기를 끌어모으면서 죠나단을 왕따로 만들어 실컷 괴롭힌다. 그러나 죠나단에게는 끝까지 곁에 남아준 에리나 펜들런이 있어 이러한 공작에도 무너지지 않았고 이에 디오는 최후의 수단으로 에리나의 첫 키스를 빼앗는 만행까지 저지른다.
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[분노]
하지만 죠나단은 에리나의 사건으로 분노하여 디오를 때려눕혀 울음을 터트리게 만든다. " 디오오오오!!! 네가!! 울때까지!! 때리는걸!! 멈추지 않겠다!!" 이는 디오가 예상하지 못했던 폭발력이었고, 이 사건을 통해 죠죠가 그저 유약할 뿐인 시골 귀족이 아님을 깨달은 디오는 계획을 바꾸어 일단 어른이 될 때까지는 본성을 숨기고 조용히 지내기로 한다. 물론 복수랍시고 대니를 불태워 살해하는 만행을 저질럿다.
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[돌가면]
디오와의 싸움에서 튄 피가 닿은 돌가면이 작동하는 것을 본 죠나단은 고고학자의 꿈을 갖고 돌가면을 연구하기 시작한다. 이때 디오는 죠죠가 돈도 되지 않는 쓸데없는 짓에 흥미를 느끼고 있다고 비웃었었다.
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[7년의 시간이 흐른 뒤]
그리고 7년 뒤에는 키 195cm에 체중 105kg의, '중기관차'라고 묘사되며 럭비 선수 4명이 달려들어야 간신히 움직임을 막을 수 정도의 건장한 체격을 갖추었으면서도 평소에는 조용하다는 평을 듣는 진정한 신사로서 성장하게 된다. 디오와 같은 대학에 진학하며 어릴 적의 꿈을 따라 고고학과에 입학했으며(디오는 법학과로 다르다), 대학의 럭비부에서도 디오와 함께 활약하고, 디오와는 표면상으론 우정 어린 라이벌 관계가 된다. 그러나 속으로는 죠나단도 디오도 내심 서로를 마뜩찮아 하고 있어 말 그대로 표면적인 친구일 뿐이었다.
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[흡혈귀] 하지만 디오는 여전히 죠스타 가문의 재산을 독차지할 기회를 노리고 있었고, 이에 왕 첸을 통해 조달한 독약으로 죠지 죠스타 1세 경을 암살하려 했다. 아무것도 모르는 죠나단은 아버지의 건강을 염려하지만 따로 손 쓸 도리는 없었고, 괴로움을 잊기 위해 더욱 돌가면의 연구에 몰두하게 된다. 그러다 자료를 찾으려 서재를 **던 중 과거 다리오가 죠스타 경에게 보낸 편지를 보고, 편지에 적힌 다리오의 병세와 죠스타 경의 병세가 우연이라고 하기 힘들 만큼 지나치게 똑같다는 점을 발견해 디오를 수상하게 여겨 추궁하고, 결국 다리오의 이름으로 맹세해보라며 디오를 몰아붙이자 디오가 화를 참지 못하고 날뛰면서 디오의 짓임이 밝혀진다.
일단은 뾰족한 증거는 없는 고로 오거 스트리트에 가서 진실을 조사하게 된다. 그 과정에서 마주친 스피드왜건과 충돌하기도 했지만, 뛰어난 인품 덕에 오히려 스피드왜건이 감화하여 죠나단을 도와주게 된다. 스피드왜건은 왕 첸을 잡아 증언과 아버지의 해독제를 확보해 디오의 음모를 밝혀내고 경찰을 불러 디오를 체포하게 하지만, 사실 디오는 죠나단이 자리를 비운 사이 일전에 눈독 들이고 있었던 돌가면을 어떻게 써먹을까 고민하다 우연찮게 부랑자를 통해 돌가면의 비밀을 알아낸다
집으로 돌아온 얼마 뒤 바깥을 방황하던 디오가 돌아왔고, 디오가 궁지에 몰린 야수처럼 최후의 발악을 할까 경계하던 죠나단이었으나, 디오는 의외로 순순히 자백하고 속죄하고 싶다며 눈물을 보인다. 이에 순간 마음이 흔들리는 죠나단이었지만 스피드왜건에 격려에 의해 다시금 마음을 다잡고, 스피드왜건이 데려온 왕 첸의 얼굴까지 본 디오는 자포자기하며 하다못해 죠나단의 손으로 수갑이 채워지고 싶다며 죠나단에게 접근하는데, 예상대로 이는 함정으로 죠나단의 눈 앞에서 돌가면을 꺼내보여 죠나단을 당황하게 한 사이 숨겨둔 부랑자의 단검으로 급습해왔다. 그러나 이 과정에서 디오를 막으려던 아버지 죠지 죠스타 경이 대신 그 단검에 찔려 죽게 된다. 이에 죠나단이 데려온 경찰들이 디오를 권총으로 사살하고, 죠스타 경은 죽어가며 아들에게 결혼 반지를 맡기고 디오의 시신을 아버지 곁에 묻어달라는 부탁을 하며 눈을 감는데...
디오의 시체는 어느 순간 사라져 있었고, 다시 나타난 디오는 총탄이 두뇌를 관통해도 죽지 않는 괴물이 되어 경찰들을 학살했다. 비로소 돌가면의 비밀을 이해한 죠나단은 우선 디오에게 죽은 경찰이 시생인이 되어 스피드왜건을 습격하자, 근처에 있던 철의 창으로 시생인을 해치우고 디오에게 맞서 싸운다.
정신력도 체력도 놀라울 정도로 강인한 죠나단이었지만, 돌가면을 쓰고 흡혈귀가 된 디오에겐 도저히 당해낼 도리가 없었다. 창으로 디오를 공격했지만 디오는 창에 손바닥이 꿰뚫린 상태에서도 막아내고 창까지 부숴버린데다 아까 입은 두부의 총상도 순식간에 회복했다. 그리하여 행운과 용기, 그리고 필사의 지혜로 저택에 불을 지른 후에 스피드왜건을 내보내고 디오를 옥상으로 유인해 같이 저택 안으로 추락해 같이 죽으려 한다. 디오가 무릎차기로 죠나단의 갈비뼈를 부러뜨린 후에 벽에 매달려 살아남으려 하지만, 혼자 떨어지던 죠나단이 창을 벽에 박고 그걸 박차고 올라가 허리띠로 디오의 발목을 잡아 끈질기게 같이 물고 늘어진다.
죠나단은 다시 한 번 디오를 꽉 붙잡았고, 이에 디오는 죠나단의 양 팔의 모든 뼈들을 말 그대로 산산조각내어 버린다. 그럼에도 죠나단은 양 팔의 힘을 조금도 풀지 않았고 몸에 불이 붙기 시작해도 마찬가지였다. 그러자 디오는 자신의 재생 능력으로 화염을 버티면 그만이라고 호언장담하지만, 둘이 추락할 때 죠나단은 운 좋게 그냥 바닥에 떨어졌지만 디오는 죠스타 가문의 상징, 자애의 여신상이 치켜 들고 있던 물병의 뾰족한 위쪽 장식에 몸통이 꽂혀 가까스로 디오를 불타는 저택에 매장하는 데 성공했다. 죠나단도 원래는 저택과 함께 그대로 불타 죽었어야 했지만 또 운이 좋게도 폭발로 바깥으로 튕겨나가 살아난다. 여기서 빈사 상태에 빠졌지만 에리나 펜들런의 헌신적인 간** 목숨을 건지게 된다.
80레벨
[월 A 체페리 남작]
하지만 저택의 폭발로 살아남은 것은 죠나단만이 아니었다. 디오도 폭발 덕에 자신을 찌른 여신상이 박살나서 그틈에 재빨리 기둥 속으로 파고들어서 살아남아 돌가면을 노리고 접근한 왕 첸의 피를 빨아 회복해 힘을 기르기 위해 잠적했고, 디오가 아직 살아있다는 것을 알고 월 A 체페리로부터 디오와 싸우기 위한 파문을 전수 받아 단기간에 놀라운 성장을 이룬다. 도중에 디오의 지시로 습격해온 왕 첸을 패퇴시키고 체펠리, 스피드 왜건과 함께 디오가 자리 잡고 있는 윈드나이츠 로드로 가서 잭 더 리퍼를 쓰러뜨리고 최면술에 걸린 포코란 소년을 따라가다가 묘지에서 디오와 다시 대면한다.
90레벨
[행운과 용기의 검, 체페리 남작의 희생]
그러나 디오는 기화냉동법을 익혀 전보다 파워 업한 상태였고, 그로 인해 제대로 된 공격조차 못한 채 디오에게 무시를 당한다. 디오는 자신의 부하인 브루포드, 타커스를 보내지만 죠나단은 브루포드와의 사투 끝에 브루포드를 이겨 감화된 브루포드에게 "LUCK & PLUCK(행운과 용기)" 이란 그의 찬사와 함께 그의 검을 받게 된다. 이후 타커스와의 싸움에선 쌍두룡의 방에 갇혀 타커스의 쇠사슬에 목이 졸리다가 목뼈가 부러져 위기를 맞이하게 되지만 직후 자신의 운명을 직감한 체페리 남작의 희생으로 파워 업해 타커스를 죽인다.
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[1889년 2월 7일. 죠나단 죠스타 사망.]
체펠리가 죽은 후, 체펠리의 동료인 다이아, 스트레이초, 톰페티와 합류해 고성으로 쳐들어가고, 거기서 포코의 누나를 죽이려 들던 괴인 두비를 파문으로 두비가 기르는 뱀을 조종해 뱀을 이용해 처참하게 죽여버린다.
고성에서 디오와 마지막 싸움을 벌이려고 하지만, 다이어가 먼저 나서고 다이어에게 기화냉동법을 설명할 틈도 없이 다이어가 회심의 썬더 크로스 스플릿 어택을 시전하나 기화냉동법으로 당해버린다. 하지만 다이아가 최후의 순간 파문 장미를 디오의 눈에 맞추는 것을 보고 힌트를 얻어 디오의 사각으로 들어가 행운과 용기의 검으로 디오를 자른다.
그러나 디오는 오히려 기화냉동법으로 죠나단을 얼려버리고, 죠나단을 시생인으로 만들어 완전한 승리를 얻으려고 한다. 하지만 죠나단은 필사의 지혜로 화로에 검을 갖다 대어 그 열로 몸을 녹여 탈출하고 디오가 주입한 흡혈귀의 액기스도 파문의 힘으로 혈류를 조절해 뽑아내버린다. 이후 다시 충돌하고, 파문 질주를 다시 기화냉동법으로 방어한 디오였지만, 이번엔 아예 글러브에 불을 붙여 기화냉동법을 무력화한 죠나단이 파문 질주를 먹이고, 디오가 최후의 발악으로 날린 공열안자경도 가까스로 피하면서 힘겨운 대결 끝에 승리를 거둔다. 이 때 비록 적이었고 자신의 소중한 사람들을 여럿 앗아간 디오였지만, 최후엔 그와 함께 했던 추억들을 떠올리며 눈물을 보이기도 했다.
그렇게 디오를 처치하고 1889년 2월 2일 어릴 때부터 서로 좋아하던 에리나과 결혼한 뒤 증기선을 타고 미국으로 신혼 여행을 떠나지만, 사실 디오는 최후의 순간 머리로 파문이 전해지기 전 스스로 목을 잘라 머리만 남아 살아있었고 왕 첸을 시켜 자기 목을 회수하게 한 뒤 그 증기선에 잠입해있다가 자신의 부하들과 함께 죠나단을 기습한다.디오가 살아있다는 사실에 경악한 죠나단이 충격으로 굳어있는 사이 디오는 기습적으로 공열안자경을 날렸고, 결국 피하지 못하고 피격당해 목이 뚫려 과다출혈과 호흡곤란으로 죽어가는 몸이 되며, 무엇보다 호흡이 봉인돼 파문 호흡을 할 수도 없게 됐다. 그러나 디오와 왕 첸이 방심한 사이 체내에 남아있던 최후의 파문을 쥐어 짜 왕 첸을 기습해 머리를 파괴한다. 비록 죠나단의 체내에 남은 파문은 너무 미약해 시생인에 불과한 왕 첸조차 산멸시킬 수 없었지만, 잔여 파문의 힘으로 남은 왕 첸의 몸통을 조종해 배의 증기 피스톤을 꼼짝 못하게 붙잡도록 유도, 증기가 제대로 배출되지 못해 과열로 피스톤이 폭발하도록 만들어 배를 침몰시키려 한다. 그와 동시에 죠나단은 자신의 안에서 무언가 소중한 것이 끊어졌음을 직감하게 된다.
직후 에리나가 죠나단의 곁에 남아 함께 최후를 맞이하려 하자 죠나단은 그런 에리나에게 근처에 있던 이름 모를 아기(이후 2부 죠셉의 어머니)를 구해줄 것을 부탁한다. 에리나는 죠나단을 떠나보내고 홀로 살아남는 걸 두려워했지만, 결국 죠나단이 돌아올 수 없음을 받아들이고 죠나단과 ** 아픈 작별 인사를 나눈다.
이 때 디오는 오히려 죠나단이 남은 파문마저 죄다 짜내어 완벽히 무방비가 된 상황을 이용해 무리해서라도 죠나단의 목을 노렸지만, 죠나단은 그런 디오를 붙잡아 저지한 다음 그 머리를 꼭 끌어안아 도망치지 못하게 잡고 디오와 함께 동귀어진할 각오를 한다. 그리고 죠나단은 에리나에게 행복해야 된다는 말을 남기고 최후의 미소와 함께 화마 속으로 사라진다. 디오는 최후의 발악으로 자신의 힘을 나눠줘 같이 살아나가자며 죠나단을 어떻게든 회유해보려 했지만...죠나단은 이미 죽은 상태였다.
이후, 죠나단은 눈을 떳다. 그 곳은 온통 파란 것들로 먹칠이 된 이상한 곳이였다. 죠나단은 말했다. "..천국인가. 아직 디오를 사멸시키지 못 하고 죽은건가.." 그러자 한 남자가 다가와서 이곳은 천국이 아니라고 말합니다. 그 말을 들은 죠나단은 이 곳에서 디오의 흔적을 찾기로 결심합니다.
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